Troisième période intermédiaire (XXI° / XXV° dynastie -1069 / -664)
La Basse Egypte est dominée par des dynasties issues de peuplades libyennes intégrées dans l'armée égyptienne (delta du Nil et en Moyenne Égypte), tandis que la Haute Égypte tombe peu à peu sous l'emprise des prêtres d'Amon du royaume de Napata (Nubie). Plus tard, la dynastie Koushite (Ethiopie) parviendra à conquérir l'ensemble du pays mais les Assyriens en profiteront pour envahir et détuire Thèbes en -667 (Assurbanipal). C'est le début d'une longue série d'invasions qui se poursuivront, après la fin de cette période, tout au long de la Basse Époque. Le prestige international de l'Egypte disparaît.


La Basse Epoque (XXVI° / XXXI° dynastie -664 / -332)
Psammétique, protégé des Assyriens et d'Assurbanipal, fonde la XXVIe dynastie indigène, dite saïte, du nom de sa capitale Saïs. Cette époque saïte a une importance considérable pour l’histoire de la civilisation, de par les rapports qui s’établissent alors entre l’Égypte et la Grèce, ainsi qu’avec le royaume de Juda. Après la prise de Jérusalem par Nabuchodonosor (Babylone) et l’exil, des communautés juives se réfugient en Égypte.
Les Perses s'emparent à leur tour du pays en -525 et maintiennent les institutions religieuses et les modes de fonctionnement. Rebellion saïte et indépendance relative durant trois dynasties. A la XXXI° dynastie, les Perses reprennent le pouvoir en Egypte avant de le perdre au profit du royaume de Macédoine (Alexandre).


Epoque Ptolémaïque (-332 / -30)
Le général macédonien Ptolémée devient roi d'Egypte pour les Grecs (et pharaon pour les Egyptiens) lors du partage de l'empire d'Alexandre le Grand. Cette dynastie marque un renouveau dans la culture égyptienne avec, d'un côté, une ouverture vers la civilisation grecque, et d'un autre, la continuité de la culture égyptienne traditionnelle. La construction du phare et de la bibliothèque d'Alexandrie date de cette époque. L'Egypte hellénistique s'éteint avec le suicide de Cléopâtre en -30 face à l'invasion romaine.


Epoque Romaine (-30 / +395)
L'Egypte devient simple province romaine (réserves de blé et d'or), et sa civilisation antique se meurt (surtout avec l'essor du christianisme). Elle tombera dans l'oubli jusqu'à l'arrivée de Napoléon Bonaparte en 1798.